Công trình đào kênh Vĩnh Tế kéo dài từ thời tướng Nguyễn Văn Nhơn làm Tổng trấn Gia Định Thành (1819-1820) cho đến thời tướng Lê Văn Duyệt làm Tổng trấn Gia Định Thành (1820-1832) mới xong. Có thể xem hai ông như là "Tổng chi huy" của công trình. Ngoài ra, lần lượt còn có sự góp sức của hai Phó tổng trấn là Trương Tấn Bửu và Trần Văn Năng.[6].

• Giai đoạn 1: Khởi công vào tháng 12 (âm lịch) năm 1819 đến tháng 3 (âm lịch) năm 1820 thì tạm dừng.

-Chỉ huy trực tiếp là các quan: Nguyễn Văn Thoại, Nguyễn Văn Tuyên và Nguyễn Văn Tồn.-Số lượng quân và dân phu: Dân phu: 5.000, binh đồn Uy Viễn (Trà Ôn): 500, dân Chân Lạp: 5.000. Tổng công: 10.500 người [7].

Tháng 3 (âm lịch) năm 1820, triều đình ra lệnh tạm dừng. Có thể vì vua Minh Mạng mới lên ngôi đang lo ổn định triều chính, vì loạn Sải Kế, và còn vì dịch bệnh (dịch tả) lúc bấy giờ đang hoành hành dữ dội...[8].

• Giai đoạn 2: Từ tháng 2 (âm lịch) năm 1823 đến tháng 4 (âm lịch) năm 1823.

-Chỉ huy trực tiếp là các quan: Nguyễn Văn Thoại, Nguyễn Văn Tuyên và Trần Công Lại.-Số lượng quân và dân phu: lấy ở các đồn Uy Viễn, Vĩnh Thanh và Định Tường hơn 39.000 dân và quân Việt. Quân và dân Chân Lạp hơn 16.000 người. Tổng cộng hơn 55.000 người, chia làm 3 phiên hoạt động [9]

Đến tháng 4 (âm lịch) năm 1823, vua Minh Mạng lại cho thôi đào kênh Vĩnh Tế, vì "nhơn đến mùa hạ, mà việc đào sông chỉ còn hơn 1.700 trượng"[10].

• Giai đoạn 3 (tức giai đoạn cuối): Từ tháng 2 (âm lịch) năm 1824 đến tháng 5 (âm lịch) năm 1824. Sách Quốc triều sử toát yếu, phần Chánh biên, chép: "Tháng 2, lại đào sông Vĩnh Tế. Năm ngoái còn 1.700 trượng, nay lại đào, đến tháng 5 mới xong, (cho) dựng bia làm ghi" [11]

-Chỉ huy trực tiếp: Nguyễn Văn Thoại và Trần Công Lại.-Số lượng quân và dân phu của cả hai nước "lên tới 25.000 người" [12]